4月24日，有網友發帖稱南京應用技術學校虛假招生，有學生學籍疑似未注冊。4月26日，有網友稱有“女學生在校內被毆打”。4月27日，南京市公安局江寧分局通報稱，將數名帶頭煽動鬧事者帶離，有效維護了校園秩序。目前，該校部分學生的學籍及專業問題仍在有關部門的有序處理中。

通報稱，2019年4月下旬，南京應用技術學校部分學生及家長因學籍及專業變更問題與學校發生矛盾，區政府正協調相關職能部門對學生及家長提出的訴求進行研究，開展對話，商討解決辦法，并初步獲得了學生及家長理解。

4月26日晚23時許，個別校外閑散人員及被該校開除學籍人員，混入校園帶頭煽動部分學生鬧事，并打砸拆卸學校門窗、報亭等設施，造成兩名學生腿部劃傷。警方接報后果斷處置，現場帶離吳某某（男，19歲，浙江臺州人，該校勸退人員，曾因涉嫌搶劫罪被南京市公安局秦淮分局查處）等數名帶頭煽動人員，有效維護了校園秩序。目前，該校部分學生的學籍及專業問題仍在有關部門的有序處理中。警方提醒，同學及家長應通過合法渠道反映訴求，維護自身權益，不信謠不傳謠。